遺憾的是，帕金森病的病因還不完全明確。
研究者對死亡患者的大腦進(jìn)行解剖時發(fā)現(xiàn)，與健康人相比，帕金森病人主要的腦部病變和神經(jīng)細(xì)胞死亡集中在中腦部一處叫“黑質(zhì)(Substantia Nigra)”的部位。健康人群中，此區(qū)域為黑色或灰黑色，富含一種叫“多巴胺”的神經(jīng)遞質(zhì)。但是帕金森病人的黑質(zhì)往往是白色或淺灰色，同時多巴胺丟失嚴(yán)重，甚至完全闕如。多巴胺是人類最重要的神經(jīng)傳導(dǎo)物質(zhì)之一。因其具有調(diào)控情緒、促進(jìn)情欲的功能，大眾媒體美其名曰“快樂物質(zhì)”或“愛情激素”。它還是控制人體運動的主要神經(jīng)物質(zhì)。由于帕金森病人腦內(nèi)多巴胺分泌嚴(yán)重不足，故導(dǎo)致對運動控制能力下降，進(jìn)而出現(xiàn)各種運動障礙。
科學(xué)家對黑質(zhì)神經(jīng)細(xì)胞死亡的原因提出了諸多假說。其中被廣泛接受的一個假說是路易小體(Lewy body)在神經(jīng)細(xì)胞的異常沉積。路易小體顯微鏡下為圓形均質(zhì)狀結(jié)構(gòu)，其中含有一種叫α-synuclein的蛋白。實驗顯示，這些物質(zhì)的沉積會引起多巴胺細(xì)胞的死亡。其他可能的假說還包括大腦的異常氧化應(yīng)激，即強氧化劑和抗氧化劑的平衡被破壞。而大腦是對氧化應(yīng)激最敏感的器官。另外，不少解剖學(xué)研究發(fā)現(xiàn)帕金森病人腦部有炎性癥狀，因此有研究者認(rèn)為腦部慢性炎癥可能也會增加患病危險度。
我們在2009提出了一個新的假說：黑色素假說，即黑色素代謝通道可能與帕金森疾病相關(guān)。在2009年《神經(jīng)學(xué)》雜志發(fā)表的一項研究中，我們發(fā)現(xiàn)有黑色素腫瘤家族史的人，未來患帕金森病的可能性會增加近80%，提示兩個疾病之間可能有共同的遺傳因素。該發(fā)現(xiàn)被2012年的一項基于230萬人之大規(guī)模研究所證實。
基因(遺傳)是決定是否得帕金森病的一個重要因素。近十年，帕金森病的遺傳學(xué)研究取得了很多突破性進(jìn)展。不少帕金森治病基因被發(fā)現(xiàn)。這些基因?qū)μ囟ㄈ巳河绊懕容^大。比如，發(fā)病年齡越輕(尤其20-50歲發(fā)病者)，基因所起作用越大。另外，約2%的帕金森病人可以歸咎于LRRK2基因突變。
盡管對大多數(shù)帕金森患者來說，環(huán)境因素才是主要致病原因，但研究基因和后天環(huán)境因素的相互作用，可能對了解疾病發(fā)展有重要的意義。
