HIV-1感染伴隨著CD4+T細胞計數(shù)的進行性下降和病毒載量的增加。因此感染程度可以通過檢測病人的CD4+T細胞計數(shù)和HIV在血液中的水平?jīng)Q定。
初次HIV感染一般發(fā)生是在感染者體液傳入非感染者后發(fā)生。感染的第一階段，即初期或急性感染，病毒快速復(fù)制，為在暴露HIV后導(dǎo)致外周血中出現(xiàn)大量病毒（通常是每毫升上百萬病毒）的一段時期。這一階段免疫應(yīng)答伴隨著外周血中CD4+T細胞數(shù)量顯著下降。事實上，這種急性病毒血癥在所有病人中都與CD8+T細胞的活化相關(guān)，CD8+T細胞活化可以殺傷HIV-感染細胞，引發(fā)抗體產(chǎn)生或血清轉(zhuǎn)換。CD8+T細胞應(yīng)答在控制病毒水平中起重要作用，良好的CD8+T細胞應(yīng)答雖然不能清除病毒但卻與延緩疾病進程以及更好的預(yù)后密切相關(guān)。在這段時期，大部分個體（80-90%）有發(fā)熱、不舒服、淋巴結(jié)病、咽炎、頭痛、肌痛和有時還會出現(xiàn)紅疹等流感樣病癥。由于癥狀的非特異性，并且并非所有的HIV感染都會有這些癥狀，因此，即使病人去看醫(yī)生或去了醫(yī)院，也經(jīng)常被誤診為具有同樣癥狀的普通感染性疾病。因此，這些基本的癥狀不被作為HIV感染的診斷指標(biāo)。然而，識別這些癥狀非常重要，因為病人在這段時期通常具有很強的傳染性。
強有力的免疫應(yīng)答可以減少血液中的病毒顆粒數(shù)目，并作為臨床潛伏階段開始的標(biāo)志。臨床潛伏期可以從2周到20年不等。在感染的早期階段，HIV在淋巴器官中比較活躍，大量的病毒被濾泡樣樹突細胞（FDC）網(wǎng)絡(luò)所捕獲。富含CD4+T細胞的周圍組織可以同樣被感染，無論是在感染細胞中的病毒還是游離病毒都得到了累積。本階段的個體仍具有傳染性。在這期間，CD4+CD45RO+T細胞攜帶著絕大部分原病毒。
當(dāng)CD4+T細胞數(shù)量降到一定程度時，細胞介導(dǎo)的免疫功能將丟失，就會發(fā)生各種機會性感染。最先出現(xiàn)的癥狀通常有緩慢而無法解釋的體重下降、呼吸道感染的反復(fù)發(fā)作（如竇炎、支氣管炎、中耳炎、咽炎）、前列腺炎、皮疹和口腔潰瘍等。通常CD4+T細胞介導(dǎo)免疫應(yīng)答能夠控制的普通機會性感染和腫瘤便會開始侵襲患者。典型的例子是，早期對口腔念珠菌和結(jié)核分枝桿菌的抵抗消失后，可以增加對口腔念珠菌和結(jié)核的易感性。晚期，皰疹類病毒的復(fù)發(fā)加重皰疹類病毒感染，如單純皰疹、帶狀皰疹、EB病毒導(dǎo)致的B細胞淋巴血癥，或卡波西氏肉瘤（一種當(dāng)HIV蛋白如Tat與人皰疹病毒-8相互作用時發(fā)生的上皮細胞瘤）等。由卡氏肺孢子蟲引起的肺炎是常見的，而且通常也是致命的。在AIDS的最后階段，感染巨細胞病毒（另一種皰疹病毒）鳥型分枝桿菌復(fù)合物感染十分常見。并不是所有病人都會發(fā)生所有這些感染和腫瘤，也會發(fā)生其它一些不十分常見但也十分重要的腫瘤和感染。
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